V některých případech je neinvazivní vyšetření nevhodné pro vysoké riziko, že výsledek nebude získán nebo jej nebude možné správně posoudit. Je-li v takových případech indikováno genetické vyšetření plodu, jsou na místě metody invazivní diagnostiky - odběr choriových klků (CVS) či amniocentéza (AMC).